La storia narra di un enorme robot costruito dall'anziano scienziato Juzo Kabuto e lasciato in eredità, alla sua morte, al nipote Ryo. Compito dell'automa è quello di sventare i piani del malvagio Dottor Inferno, uno scienziato tedesco che nel 1962 aveva partecipato con Kabuto e altri colleghi a una spedizione archeologica nell'isola greca di Rodi, alla scoperta dei resti della civiltà micenea. Ritrovato l'esercito di mostri meccanici costruiti dai Micenei, il dottor Inferno svelava le sue reali intenzioni uccidendo tutti i presenti (tranne Kabuto, che riuscì a fuggire) e impossessandosi dell'antica tecnologia, con lo scopo di far tornare sulla Terra i discendenti dell'antico popolo greco (costretti per secoli a rifugiarsi nelle viscere della Terra) e insieme ad essi dominare il mondo.

 

Il Professor Kabuto, tornato in patria, dirige il centro ricerche per l'Energia Fotoatomica, per lasciarlo al professor Yumi appena scoperta una lega metallica resistentissima, la lega Z, e andare a costruire Mazinga Z. Nell'Istituto viene creata Afrodite A, un robot meno potente, dalle fattezze femminili, costruito dal Professor Yumi e pilotato da Sayaka Yumi, figlia del direttore dell'istituto. Più avanti si unisce a questi il Boss Robot, guidato da Boss, Nuke e Mucha, compagni di scuola di Ryo, le cui imprese costituiscono il lato comico della serie.